Можно ли опротестовать решение суда, если он в процессе применил ст.90 УПК РФ?

А почему нельзя? Обстоятельства, установленные вступившим в законную силу приговором либо иным вступившим в законную силу решением суда, принятым в рамках гражданского, арбитражного или административного судопроизводства, признаются судом, прокурором, следователем, дознавателем без дополнительной проверки-смысл их оценивать заново если суд итак уже признал этот факт? если вам это так важно-обжалуйте решение суда на которое будут ссылаться и никак иначе... как правило такое происходит когда уже есть осужденные по данному уголовному делу и рассматривается уголовное дело когда один из подсудимых например был в розыске(выделенное в отдельное производство)