Можно хищение денег бухгалтером с расчетного счета компании квалифицировать одновременно по ч3 ст 159 и ч.1 ст187ук рф?

Это зависит от обстоятельств хищения, но, скорее всего, его действия должны быть квалифицированы по ст.160 УК РФ. Подделка платежных документов является лишь способом хищения и дополнительной квалификации по ст. 187 здесь не требуется