Куда обращаться,если составлен неправильный протокол,много несоответствий

Для ответа необходимо, чтобы вы уточнили о каком протоколе идёт речь. Ведь вы задаёте не теоретический вопрос, а основываетесь на реальной ситуации. Соответственно ищете решение наиболее выгодное для Вас. Уточните: Почему он, по вашему мнению, "неправильный"? В чём вы видите несоответствия? И, вероятно я смогу Вам указать верный путь решения Вашего вопроса.