Два года назад было возбуждено уголовное дело по статье 116

Судимость у вас в любом случае уже погашена и не должна нигде фигурировать, так как сейчас судимости у вас нет, она уже давно погашена.

однако фактически да, информация о самом факте привлечения вас к ответственности хранится в базе данных и в справках эта информация также фигурирует (хотя с точки зрения закона это очень сомнительная практика). вы попробуйте обратиться на имя начальника подразделения, где вы получали справку с просьбой выдать справку без указания на факт привлечения к уголовной ответственности, обоснуйте тем, что судимости у вас в соответствии со ст. 86 ук рф уже нет. но тем не менее, не факт, что вашу просьбу удовлетворят, увы, такая сейчас практика в органах.