Юристы! адвокаты! и просто знающие! почему в уголовном деле, должен быть подлинник протокола (задержания, досмотра ..)?

Дело в том, что согласно ст. 240 упк рф все доказательства по делу подлежат непосредственному исследованию, т. е исследованы первоисточники, а не копии. также, об этом указано в ст. 87 упк рф согласно которой суду необходимо при проверке доказательств установить их источник т. е. первичный документ.
исключение это выделение дела в отдельное производство, только в этом случае согласно ч. 4 ст. 154 упк рф в деле содержаться подлинники или заверенные следователем копии процессуальных документов, а также приобщение к материалам дела на основании исследованных оригиналов копий заверенных следователем или судом.
следовательно, судья прав.
для более, квалифицированной консультации рекомендую вам обратиться к адвокату лично.