Освободят ли человека по окончанию отбывания первого срока если суд по второму ещё будет идти?

Здесь зависит не от того сидит он или нет, а от тяжести самого преступления, от данных характеризующих личность (вот здесь, кстати и может сыграть роль нахождение его в местах лишения свободы) и иных обстоятельств (типа возможности воздействия на свидетелей и потерпевших, возможности совершения новых преступлений и т. д. (посмотрите ст. ст. 97, 108 упк рф).