Следователь позвонил адвокату и предложил амнистию.. соглашаться если достали уже больше года этим делом, но я невиновный?

Следователю так проще, он прекратит дело по нереабилитирующим обстоятельствам и будет "в шоколаде". вы хоть и не будете считаться судимым, но будете числится как привлекавшийся к уголовной ответственности (в гиц мвд будет выставлена статкарточка как на лицо совершившее преступление). если надоело тратить нервы - соглашайтесь, если считаете себя невиновным и опасаетесь последствий нахождения ваших данных в базе мвд (а это может сказаться при устройстве на определенные виды работ) - настаивайте на прекращении уг. дела по реабилитирующим обстоятельствам. решать вам.