Вопрос сложный, для следователей, ну или для юристов. подскажите пожалуйста, буду очень признателен за ответ.

Если военный, по заявлению, совершил преступление не на службе, то военная прокуратура направит это заявление по подследственности. Так что расследование будет проводить один орган, если по встречному заявлению подследственность прокурорского следствия, Если деяние, описанное во встречном заявлении, совпадает с деянием, по которому проводится следствие, то следователь прокуратуры, получив заявление, приобщит его к уголовному делу и в его рамках примет решение.