Имеет ли право бывший работодатель подать на меня в суд спустя пять месяцев после увольнения, я была подотчетным лицом.

В принципе может. вообще истечение срока давности не обозначает запрет на обращение в суд с иском.
приказа от 00.00.2000г №89и может и не быть, отсутствие указанного приказа никак не обозначает прекращение трудовых правоотношений.
единственным основанием для ответственности материальной работника пред зарплатодателем является вред, причинённый действиями работника зарплатодателю. иными словами: сможет зарплатодатель доказать факт причинённого ему вреда -- шанс появляется.